source: romu「大航海時代II」では、プレイヤーは16世紀初頭の探索と海上貿易の時代に入り、6人の冒険者（シナリオ）から1人を選び、航海、海事、探検の旅に出ます。各キャラクターは独自の物語を持ちながらも絡み合っています。6人のキャラクターは以下の通りです。
1. ジョアン・フランコは、初代「大航海時代」の英雄でありポルトガルの影響力のある男、レオン・フランコ公の息子です。父は彼を強い男に育てようとし、海に出すことを決意します。若きジョアンは、船乗りの技術を学ぶ任務を負い（彼はレベル1からスタートする唯一のキャラクターです）、遠くの東方を目指し、最終的にはアトランティスの秘密を探しに行く冒険に出ます。
2. カタリナ・エランツォは、ポルトガル艦隊によって愛する人と兄が殺されたと信じるスペインの海軍士官です。復讐を誓い、海賊の生活に身を投じ、すぐに赤毛の海の scourge（災厄）となります。
3. ピエトロ・コンティは、コンティ家の財政問題を引き継いだ借金まみれの男です。フランコ公爵夫人に息子を監視するよう雇われ、仕事を引き受けて船を手に入れます。ピエトロはこれらの資源を使って貴重な宝を探し、家族の借金を清算することを望んでいます。
4. エルンスト・フォン・ボーアは、オランダで授業を教えている地理学者です。しかし、彼は教室を離れ、高い海を航海し、書物でしか知らなかった冒険の生活を送りたいと願っています。友人のメルカトルが世界の地図情報と引き換えに初めての航海の資金を提供すると申し出たとき、エルンストは夢を実現する機会を得ます。
5. アリ・ヴェザスは、イスタンブールで貧しい孤児として他人に仕えている子供です。彼は自分の主人になり、異国の地で自分の富を築くことを夢見ています。運命のいたずらが彼に小さな融資をもたらし、彼は初めての船を手に入れ、貨物を満載して航海に出ることができるようになります。
6. オットー・ベインズは、英国王室の騎士を自称し、王のために仕えています。英国艦隊の提督に昇進した彼は、スペイン艦隊の増大する海軍力を懸念しています。オットーは王から私掠船の許可状を与えられ、スペイン艦隊を恐れさせるよう命じられます。最初は簡素な装備で出発し、オットーは国と王の名のもとに偉大な私掠船に成長しようと努力します。
選んだキャラクターに関わらず、「大航海時代II」はトップダウンの航海シミュレーションです。海上では、プレイヤーは船の進行方向を制御し、速度は乗組員の数や健康状態、風や潮流によって影響を受けます。プレイヤーは水のある場所ならどこでも航海でき（ただし、一部の船は海に適していません）、興味深いランドマークや新しい港を発見します。港に着くと、視点はトップダウンになり、プレイヤーは異なる建物に入ることができ、それぞれ独自のサービスや商品を提供しています。これには、宿屋、アイテムショップ、造船所、酒場、城、ギルドホール、教会、商人、港が含まれます。プレイヤーは乗組員を養い、資金を確保し、艦隊を修理するために十分な金を稼ぐ必要があります。主な金の稼ぎ方は、海上貿易、ギルドからの仕事の受注、ギャンブル、他の船との戦闘です。
海戦中、ゲームはターン制のトップダウン戦略ゲームに変わり、プレイヤーは敵船に大砲を発射するための軌道を得るために船を移動させたり、敵の船に並走して乗り込むことができます。プレイヤーの旗艦が敵艦隊の旗艦を攻撃すると、対決を挑むことができます。受け入れられた場合、ゲームは2人の艦長が戦うサイドビューに切り替わります。このシーケンス中、プレイヤーはどの戦闘動作（打撃、突き、受け流し、鞭打ち）を行うかを選ぶことができます。
